Gdy w 1945 roku Zielna Góra znalazła się w granicach Polski pojawiła się potrzeba podjęcia badań naukowych nad przeszłością regionu. W 1954 roku został utworzony zielonogórski oddział Polskiego Towarzystwa Historycznego, a w 1958 roku pierwszy ośrodek badań naukowych w regionie lubuskim − Stacja Naukowa PTH. Między innymi z tym związani byli pierwsi wykładowcy na utworzonym w 1972 roku na Wydziale Humanistycznym w Wyższej Szkole Nauczycielskiej, a od 1974 roku Wyższej Szkoły Pedagogicznej kierunku historia. W latach siedemdziesiątych XX wieku z kierunkiem związali się późniejsi profesorowie Hieronim Szczegóła, Joachim Benyskiewicz, Kazimierz Bartkiewicz, Marian Eckert, Władysław Korcz, Kazimierz Stachura i Wojciech Peltz. W 1983 roku powstał Instytut Historii. Jego dyrektorami byli kolejno Hieronim Szczegóła (1983-1996), Kazimierz Barkiewicz (1996-1999), Czesław Osękowski (1999-2002), Wojciech Strzyżewski (2002-2005) i Dariusz Dolański (2005-2016). Od początku środowisko historyczne należało do najaktywniejszych zespołów naukowych w Zielonej Górze. W 1994 roku uzyskało ono uprawniania do nadawania stopnia doktora, a w 2001 roku, tuż przed utworzeniem Uniwersytetu Zielonogórskiego uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego.
Prof. dr hab. Marian Eckert (1932-2015), związany zarówno z Wyższą Szkołą Inżynierską, jak i Wyższą Szkołą Pedagogiczną, historyk gospodarki i XIX-XX wieku, Rektor Wyższej Szkoły Inżynierskiej (1987-1990) i wojewoda zielonogórski (1993-1997), honorowy obywatel Zielonej Góry.
Prof. dr hab. Hieronim Szczegóła (1931-2024), współtwórca obu zielonogórskich uczelni – technicznej (Wyższa Szkoła Inżynierska, później Politechnika Zielonogórska) i humanistycznej (Wyższa Szkoła Nauczycielska, następnie Wyższa Szkoła Pedagogiczna), które po połączeniu utworzyły w 2001 roku Uniwersytet Zielonogórski. Zajmował się historią regionalną oraz historią średniowiecza i XX wieku. Był kilkakrotnie rektorem WSN 1971-1973) i trzykrotnie WSP (1973-1975, 1981-1984 i 1996-1999), honorowy obywatel Zielonej Góry.
Doc. dr hab. Władysław Korcz (1913-1997), pionier badań historycznych na Ziemi Lubuskiej po 1945 roku, regionalista, zajmował się głównie historią wczesnonowożytną, jego imię nosi jedno z rond w Zielonej Górze, honorowy obywatel miasta.
Prof. dr hab. Kazimierz Bartkiewicz (1930-2002), historyk historiografii, badacz problematyki nadodrzańskiej i świadomości historycznej zwłaszcza okresu oświecenia. Zajmował się także historią regionalną. Był dziekanem Wydziału Humanistycznego (1975-1981) i rektorem Wyższej Szkoły Pedagogicznej (1984-1990).
Dr hab. Zdzisław Wroniak, prof. UZ, badacz historii Polski i stosunków polsko-francuskich w dwudziestoleciu międzywojennym. Z Instytutem Historii związany od 1993 roku, skąd odszedł na emeryturę (wcześniej pracował na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu).
Prof. dr hab. Joachim Benyskiewicz (1936-2011), badacz dziejów regionu i historii Polski w XIX wieku i dwudziestoleciu międzywojennym, dziekan Wydziału Humanistycznego (1984-1990) i przewodniczący Okręgowej Komisji Badania Zbrodni Przeciwko Narodowi Polskiemu Instytutu Pamięci Narodowej w Zielonej Górze (1988-1999).
Dr hab. Wojciech Dzieduszycki, prof. UZ (1946-2020), archeolog, badacz pradziejów i średniowiecza, zagadnień symboliki w dziejach społeczeństw pradziejowych i średniowiecznych, ekologii historycznej oraz dziejów ośrodków wczesnopaństwowych w Polsce. Z Instytutem Historii związany był od 2000 roku do emerytury (wcześniej pracował w poznańskim oddziale PAN).
Prof. dr hab. Tadeusz Malinowski (1932-2018), archeolog, specjalizował się w epoce brązu i epoce żelaza, zajmował się przede wszystkim obrządkami pogrzebowymi w pradziejach i we wczesnym średniowieczu w Europie Środkowej. Z Instytutem Historii związany był od 1993 roku do emerytury (wcześniej pracował z WSP w Słupsku).
Prof. dr hab. Maria Barbara Topolska, badaczka problematyki związanej przemianami cywilizacyjnych na ziemiach litewskich, białoruskich i ukraińskich, znaczeniem polskości w Wielkim Księstwie Litewskim i na ziemiach ruskich w XVI-XX w. oraz roli emigracji polskiej po 1945 r. w krzewieniu polskiej nauki i kultury w środowiskach polonijnych. Z Instytutem Historii związana była od 1997 roku do emerytury (wcześniej pracowała w poznańskim oddziale PAN).
Prof. dr hab. Kazimierz Bobowski (1939-2023), badacz specjalizujący się w historii prawa i administracji, historii średniowiecznej, integracji europejskiej, naukach pomocniczych historii (ze szczególnym uwzględnieniem dyplomatyki i paleografii), średniowieczu Śląska. Z Instytutem Historii związany był od 2000 roku do emerytury (wcześniej pracował na Uniwersytecie Wrocławskim).
Dr hab. Wojciech Peltz, prof. UZ (1945-2002), mediewista, badacz historii Polski i Rusi. Dziekan Wydziału Humanistycznego (1996-2002).
Prof. dr hab. Tomasz Jaworski, badacz historii regionalnej, zwłaszcza Żar i Łużyc, specjalista w zakresie demografii historycznej i historii gospodarczej. Twórca Towarzystwa Studiów Łużyckich, honorowy obywatel miasta Żary.